戚繼

發布時間：2021-06-27瀏覽次數：6133

教師基本信息：

姓名：戚繼

職稱：研究員

電子郵箱：qij@fudan.edu.cn

辦公地點：生科院E401

辦公電話：021-31246533


研究方向：

發育：基於空間轉錄組研究植物花器官的建成過程

利用10X Visium技術研究蘭科植物蝴蝶蘭的花器官發生與發育過程。通過分析數以千計的花發育關鍵基因的高分辨率空間表達模式，發現了蘭花早期發育的多種細胞類型，包括花原基、花器官原基和多種分生組織。其中花器官基部的分生組織細胞在器官起始後的多個發育階段持續發揮功能。發現早期器官原基與後續發育時期多種細胞類型聯合構建了詳細的分化軌跡，為理解花器官發生以及特定細胞類型的基因組學和遺傳學研究提供了分子層麵的信息。

進化：植物基因組變異和重複基因功能分化

通過開發生物信息學新方法並結合多種植物的基因組、轉錄組高通量測序，發現被子植物不同分支上普遍存在基因組多倍化，重複基因的保留程度符合一致的指數衰減規律。研究發現這些重複基因為基因功能分化和新功能的產生提供了更多的材料，有利於增加植物的環境適應性。

算法：空間轉錄組和分子進化的機器學習方法

開發了可以用於單細胞精度的空間轉錄組分析新方法，可以從10X Visium、Slide-seq等測序數據中有效識別不同類型的細胞，準確性遠高於同類方法。通過將方法應用於本項目前期已完成的蝴蝶蘭花器官空間轉錄組分析中，結果表明預測的花原基、四類花器官原基、形態建成中的組織等具有高度的準確性，有利於精確分析不同器官的起始狀態差異和關鍵基因表達，同時還可進一步研究同類器官在不同發育時期的細胞類型分化和基因表達調控複雜性。


個人簡介：

万博英超狼队网官方网 ，研究員，博士生導師。目前在植物發育、分子進化、生物信息學方法等研究方向上開展研究工作。在Nature Communications、PNAS、Nucleic Acids Research、Molecular Plant、Molecular Biology and Evolution等在生物學領域有較高影響力的期刊上發表多篇SCI科研論文，合計被引用超過10,000次，h-index為40（來源：Google Scholar）。


授課情況：本科生課程《生物信息學》


招生專業：生物信息學


科研項目：獲得多項國家自然基金資助


代表性論文和論著：

  1. Yamao Chen†, Shengyu Zhou†, Ming Li, Fangqing Zhao* and Ji Qi* (2023) STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data. Briefings in Bioinformatics. DOI:10.1093/bib/bbad068

  2. Jingting Shen1†, Shengyu Zhou1†, Yamao Chen and Ji Qi* (2023) TransMCL enables the assembly of full-length coding genes for collecting complete hierarchical orthogroups. Methods in Ecology & Evolution.DOI:10.1111/2041-210X.14179

  3. Chang Liu, Jing Leng, Yonglong Li, Tingting Ge, Jinglong Li, Yamao Chen, Chunce Guo* and Ji Qi* (2022) A spatiotemporal atlas of organogenesis in the development of orchid flowers. Nucleic Acids Research. 50(17):9724-9737

  4. Jinglong Li, Jingting Shen, Rui Wang, Yamao Chen, Taikui Zhang, Haifeng Wang, Chunce Guo, Ji Qi* (2022) The nearly complete assembly of the Cercis chinensis genome and Fabaceae phylogenomic studies provide insights into new gene evolution. Plant Communications. 4(1):100422

  5. Duoyuan Chen#, Taikui Zhang#, Yamao Chen, Hong Ma and Ji Qi* (2022) Tree2GD: a phylogenomic method to detect large-scale gene duplication events. Bioinformatics. 38(23):5317-5321

  6. Ying Zhao#, Duoyuan Chen#, Jianping Tang, Yufang Zheng*, Ji Qi*, Hongyan Wang* (2022) Parental folate deficiency induces birth defects in mice accompanied with increased de novo mutations. Cell Discovery. 8:18

  7. Chengpeng He#; Zhiyu Chen#; Yiyong Zhao; Yue Yu; Hongkuan Wang; Cong Wang; Gregory P. Cop enhaver; Ji Qi*; Yingxiang Wang* (2022) Histone demethylase IBM1-mediated meiocyte gene expression ensur es meiotic chromosome synapsis and recombination. PLoS Genetics. 18(2):e1010041

  8. Q. Lian, Y. Chen, F. Chang, Y. Fu and J. Qi* (2021) inGAP-family: Accurate Detection of Meiotic Recombination Loci and Causal Mutations by Filtering Out Artificial Variants due to Genome Complexities. Genomics, Protoemics & Bioinformatics https://doi.org/10.1016/j.gpb.2019.11.014.

  9. Caifei Zhang#, Taikui Zhang#, Federico Luebert# Yezi Xiang, Chien-Hsun Huang, Yi Hu, Mathew Rees, Michael W. Frohlich, Ji Qi*, Maximilian Weigend*, Hong Ma*. (2020) Asterid phylogenomics/phylotranscriptomics uncover morphological evolutionary histories and support phylogenetic placement for numerous whole genome duplications. Mol. Biol. Evol. 37:3188-3210

  10. S. Zhou, Y. Chen, C. Guo*, J. Qi* (2020) PhyloMCL: accurate clustering of hierarchical orthogroups guided by phylogenetic relationship and inference of polyploidy events. Methods in Ecology & Evolution. 11: 943-954 https://doi.org/10.1111/2041-210X.13401

  11. H. Wang, C. Guo, H. Ma, J. Qi* (2019) Meeting the Challenges of Detecting Polyploidy Events from Transcriptomic Data. Mol. Plant 12(2):137-140

  12. J. Liu, Q. Lian, Y. Chen, J. Qi* (2019) Amino acid based de Bruijn graph algorithm for identifying complete coding genes from metagenomic and metatranscriptomic short reads. Nucleic Acids Res. 47: e30                 

doi: 10.1093/nar/gkz017.

  1. Ren Ren#, Haifeng Wang#, Chunce Guo#, Ning Zhang, Liping Zeng, Yamao Chen, Hong Ma*, Ji Qi* (2018) Widespread whole genome duplications contribute to genome complexity and species diversity in angiosperms. Mol. Plant 11: 414-428. DOI: https://doi.org/10.1016/j.molp.2018.01.002




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