職稱：青年研究員
地址：万博英超狼队网官方网 E201-8室
電話：021-31246677
個人簡介
2006 – 2010 北京大學，化學與分子工程學院，學士
2010 – 2015 美國芝加哥大學（University of Chicago），化學係，博士，Dr. Chuan He（何川）實驗室
2015 – 2020 路德維希癌症研究所聖迭戈分所（Ludwig Institute for Cancer Research, San Diego Branch），博士後，Dr. Bing Ren（任兵）實驗室
主要研究方向 (Research Interests)
通過全基因組關聯研究（GWAS），數萬個與複雜疾病相關的遺傳變異位點已被成功鑒定。然而將近90%的遺傳變異位點富集在非編碼功能調控元件上（例如增強子等區域），說明這些變異位點可能通過改變非編碼功能調控元件的活性從而影響其靶基因的表達水平，從而導致疾病的發生。因此，利用表觀遺傳組學手段係統性的識別不同組織細胞中非編碼功能調控元件及其靶基因有助於理解與疾病相關的非編碼區突變是如何導致疾病的產生。然而由於DNA在細胞核內形成複雜的高級結構，非編碼功能調控元件與其調控的靶基因雖然在三維空間上存在相互作用，但它們在一維序列上可能並不接近：初步估計90%以上的非編碼調控序列的靶基因都不是距離其最近的基因。因此為了深入解讀非編碼DNA區域變異位點對基因表達調控的影響，不僅需要在一維序列上對非編碼功能調控元件進行檢測，也需要了解DNA在細胞核內的三維結構從而預測這些功能元件所調控的靶基因。
課題組擬從以下方麵開展工作：
1. 開發新型的高通量測序技術描述染色質在細胞核中的三維結構並利用此信息解讀非編碼基因調控元件是如何參與其靶基因的表達調控；
2. 將前沿單細胞表觀遺傳組以及多組學測序技術應用於類器官模型，從基因組學、表觀遺傳組學和轉錄組學水平分析器官發育過程中的轉錄調控機製以及個體化腫瘤模型的遺傳特征，並進一步研究與疾病相關的非編碼區突變的潛在致病機理。
實驗室歡迎對科研有強烈興趣的相關方向本科生（如生命科學、化學、生物信息等）加入實驗室（包括畢業設計），共同探索生命的奧秘。感興趣的同學可通過郵件聯係（miaoyu@fudan.edu.cn）並附上簡曆。
獲獎情況 (Awards)
2013 – 2015，霍華德休斯醫學研究院（HHMI）國際留學生獎學金
2014，國家優秀自費留學生獎學金
2019，入選上海海外高層次人才項目
代表性成果
1. Juric, I. *, Yu, M. *, Abnousi, A., Raviram, R., Fang, R., Zhao, Y., Zhang, Y., Qiu, Y., Yang, Y., Li, Y., Ren, B., Hu, M. MAPS: Model-based analysis of long-range chromatin interactions from PLAC-seq and HiChIP experiments. PLoS Comput Biol. 2019, 15: e1006982.
2. Yu, M., Ren, B. The three-dimensional organization of mammalian genomes. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2017, 33: 265-289.
3. Fang, R.*, Yu, M.*, Li, G., Chee, S., Liu, T., Schmitt, A.D., Ren, B. Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq. Cell Res. 2016, 26: 1345-1348.
4. Yu, M.*, Ji, L.*, Neumann, D.A., Groom, J., Chung, D., Westpheling, J., He, C., and Schmitz, R.J. Base-resolution detection of N4-methylcytosine in genomic DNA using 4mC-TAB-seq. Nucleic Acids Res. 2015, 43: e148.
5. Yu, M., Song, C.X., and He, C. Detection of mismatched 5-hydroxymethyluracil in DNA by selective chemical labeling. Methods 2015, 72: 16-20.
6. Yu, M., Hon, G.C., Szulwach, K.E., Song, C.X., Jin, P., Ren, B., and He, C. Tet-assisted bisulfite sequencing of 5-hydroxymethylcytosine. Nat. Protoc. 2012, 7: 2159-2170.
7. Yu, M.*, Hon, G.C.*, Szulwach, K.E.*, Song, C.X., Zhang, L., Kim, A., Li, X., Dai, Q., Shen, Y., Park, B., Min, J.H., Jin, P., Ren, B., and He, C. Base-resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in the mammalian genome. Cell 2012, 149: 1368-1380. （衍生產品5hmC TAB-Seq Kit sold by Wisegene）
*共同第一作者
已授權專利：
Composition and methods related to modification of 5-methylcytosine (5mc)，專利號US9611510B2（美國）、EP2694686B1（歐洲）
申請中專利：
Genome-wide identification of chromatin interactions （PCT/US2017/049549）